Article Dans Une Revue Annales d'Endocrinologie = Annals of Endocrinology Année : 2024

Conséquence de la perte fonctionnelle de la lysine déméthylase KDM1A sur la méthylation des histones, la conformation chromatinienne et expression génique dans l’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales GIP-dépendante

L. Syx
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K. Ancelin
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N. Ladurelle
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F. Fiore
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S. Viengchareun
M.L. Nunes
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A. Galioot
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M. Barbot
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D. Regazzo
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C. Scaroni
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D. Maiter
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S. Tsagarakis
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P. Emy
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I. Bourdeau
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A. Lacroix
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H. Lefebvre
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J. Young
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A. Tabarin
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J. Bouligand
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N. Servant
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P. Kamenicky
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Résumé

Introduction L’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales GIP-dépendante (GIP-HBMS) est liée à l’inactivation génétique de l’histone déméthylase KDM1A et touche majoritairement les femmes (sex-ratio 12:1). Les conséquences de la perte fonctionnelle de KDM1A sur la méthylation des histones, le remodelage chromatinien et l’expression génique, et son possible rôle dans l’inactivation du chromosome X ne sont pas bien connues. Méthodes Nous avons analysés les échantillons GIP-HBMS et les échantillons d’HBMS indépendante du GIP (contrôles) par RNA-seq, ATAC-seq et ChIP-seq (H3K4me2 et H4K9me2). Résultats Nous avons observé 993 gènes surexprimés et 399 gènes sousexprimés (padj < 0,05 et |logFC| > 1), et 4244 régions chromatiniennes différemment ouvertes et 3141 régions différemment fermées (padj < 0,05 et |logFC| > 1) dans GIP-HBMS par rapport aux contrôles. Il existe une corrélation linéaire entre l’ouverture de la chromatine et le profil transcriptomique (r = 0,58 et p < 2,2e-16). La région promotrice de GIPR figurait parmi les régions chromatiniennes les plus ouvertes ayant pour conséquences sa surexpression majeure dans GIP-HBMS. Nous avons identifié 45 gènes liés à l’X surexprimés et 8 sous-exprimés (padj < 0,05 et |logFC| > 1) dans GIP-HBMS, sans déséquilibre global du dosage des transcrits liés à l’X chez les femmes. Conclusion/perspectives La perte fonctionnelle de KDM1A entraine un remodelage majeur de la chromatine, ayant pour conséquence une dérégulation globale de l’expression génique. La surexpression des gènes liés à l’X suggère un défaut d’inactivation du chromosome X. Les analyses par FlashSeq-scRNAseq, et par ChIP-seq sont en cours.
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Dates et versions

hal-04720090 , version 1 (03-10-2024)

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Citer

F. Chasseloup, L. Syx, K. Ancelin, N. Ladurelle, L. Amazit, et al.. Conséquence de la perte fonctionnelle de la lysine déméthylase KDM1A sur la méthylation des histones, la conformation chromatinienne et expression génique dans l’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales GIP-dépendante. Annales d'Endocrinologie = Annals of Endocrinology, 2024, 85 (5), pp.375-376. ⟨10.1016/j.ando.2024.08.084⟩. ⟨hal-04720090⟩
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