À côté d’une ambivalence microbienne pour la santé très tôt reconnue, de nouvelles méthodes et de nouveaux concepts développés ces dernières décennies en infectiologie ont également transformé le rapport entre normal et pathologique. Tel est le cas du concept de microbiote. Reconnu comme indispensable à la vie normale, le microbiote serait aussi à la source de nombre de pathologies, qui résulteraient d’un déséquilibre de la flore microbienne (dysbiose). Après avoir rappelé les commencements du concept de microbiote, nous tenterons de clarifier la transformation de la pathologie liée à la notion : y a-t-il réellement modification par le microbiote de la représentation de la maladie et du pathologique et, si oui, dans quelle mesure ? Comment comprendre le concept de microbiote entre le normal et le pathologique ?